東別院の名称は「真宗大谷派四日市別院」といいます。
江戸時代の中頃、現在の東別院あたりに東本願寺（京都）末寺の真勝寺というお寺がありました。その住職宗順は、東本願寺から隠居を命じられますが、それを不服とし末寺11ケ寺と門信徒1300人とともに西本願寺派に転宗しようとしたため大騒動となり、1743年に江戸の寺社奉行大岡越前守忠相の裁きを受けます。その結果、真勝寺は幕府に没収され、その後東本願寺に渡されることになり、東本願寺の別院・御坊となりました。
幕末に本堂は焼失しましたが（その後再建）、雄大な山門は今も残り、平成17年に県指定有形文化財となりました。